Theo UBND tỉnh Đồng Nai, qua rà soát các quy định pháp luật, thủ tục đầu tư, Đồng Nai nhận thấy tỉnh không đủ thẩm quyền, năng lực làm đường sắt Biên Hòa - Vũng Tàu và Thủ Thiêm - Long Thành.
Tỉnh Đồng Nai lý giải, Luật Đường sắt không quy định UBND cấp tỉnh tổ chức đầu tư, xây dựng các tuyến đường sắt thuộc mạng lưới đường sắt quốc gia. Luật Đường sắt quy định Bộ Giao thông vận tải là cơ quan đầu mối giúp Chính phủ thực hiện quản lý Nhà nước về hoạt động đường sắt như đầu tư xây dựng hạ tầng đường sắt. Thẩm quyền đầu tư, xây dựng, quản lý, khai thác 2 tuyến đường sắt trên thuộc thẩm quyền của Bộ Giao thông vận tải.
Hiện nay, Bộ Giao thông vận tải đã có Ban Quản lý Dự án đường sắt, đây là đơn vị có năng lực, chuyên môn, kinh nghiệm nên việc điều hành, quản lý dự án sẽ thuận lợi. Hiện Ban Quản lý Dự án đường sắt cũng đang tổ chức đấu thầu chọn đơn vị tư vấn để lập báo cáo nghiên cứu khả thi Dự án đường sắt Biên Hòa - Vũng Tàu và Thủ Thiêm - Long Thành.
Ngoài ra, đường sắt Biên Hòa - Vũng Tàu và Thủ Thiêm - Long Thành có vốn đầu tư rất lớn, dự kiến cần huy động thêm các nguồn vốn vay từ các tổ chức nước ngoài. Nếu Bộ Giao thông vận tải là đầu mối giúp Chính phủ tổ chức đầu tư xây dựng đường sắt sẽ thuận lợi trong việc vay vốn.
Từ những căn cứ trên, Đồng Nai kiến nghị Bộ Giao thông vận tải báo cáo Thủ tướng Chính phủ giao cho Bộ Giao thông Vận tải là đơn vị tổ chức đầu tư đường sắt Biên Hòa - Vũng Tàu và Thủ Thiêm - Long Thành. Hai tuyến đường sắt này cần được làm sớm để kịp kết nối khi sân bay Long Thành đi vào hoạt động.
Đường sắt Thủ Thiêm - Long Thành có chiều dài gần hơn 37 km, điểm đầu tại ga Thủ Thiêm (thành phố Thủ Đức, Thành phố Hồ Chí Minh), điểm cuối tại sân bay Long Thành; tổng mức đầu tư dự kiến hơn 40.500 tỷ đồng.
Tuyến đường sắt Biên Hòa - Vũng Tàu có chiều dài khoảng 84 km, có điểm đầu ở ga Trảng Bom (Đồng Nai), điểm cuối tại cảng quốc tế Cái Mép - Thị Vải (Bà Rịa - Vũng Tàu); tổng mức đầu tư dự kiến trên 50.800 tỷ đồng.
Cuối năm 2021, UBND tỉnh Đồng Nai có văn bản kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét, chấp thuận chủ trương giao tỉnh Đồng Nai là cơ quan nhà nước có thẩm quyền triển khai dự án đường sắt Thủ Thiêm - Long Thành và Biên Hòa - Vũng Tàu.
Sau đó, Chính phủ có văn bản yêu cầu Bộ Giao thông vận tải thống nhất với các tỉnh Đồng Nai, Bà Rịa - Vũng Tàu, Thành phố Hồ Chí Minh và các đơn vị liên quan về phương án đầu tư dự án đường sắt Biên Hòa - Vũng Tàu, đường sắt nhẹ Thủ Thiêm - Long Thành, bảo đảm phù hợp quy hoạch, đúng thẩm quyền theo quy định pháp luật.
