Trong số 6 bị cáo ra hầu tòa tại vụ án này, bị cáo Bùi Trung Kiên (sinh năm 1980, cựu cán bộ Phòng 6, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu - C03, Bộ Công an) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” theo quy định tại Điều 174, khoản 4 - Bộ luật Hình sự.
Năm bị cáo còn lại gồm: Lê Thanh An (sinh năm 1976, cựu cán bộ Phòng 5, C03, Bộ Công an); Trần Văn Long (sinh năm 1976, Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần truyền thông Du lịch Việt); Nguyễn Ngọc Triệu (sinh năm 1973, nguyên Ủy viên Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, tức Thượng tọa Thích Đồng Huệ, Trụ trì Chùa Nôm, đã có Quyết định hoàn tục và thôi tất cả các chức vụ trong Giáo hội Phật giáo Việt Nam); Bùi Thị Hồng Giang (sinh năm 1975, Giám đốc Công ty Luật Trách nhiệm hữu hạn Bùi Gia và cộng sự) và Hà Duy Tuấn (sinh năm 1985, Chủ tịch Hội đồng tư vấn Công ty Cổ phần đầu tư Long Thịnh) bị truy tố về cùng tội “Môi giới hối lộ” theo quy định tại Điều 365, khoản 4 - Bộ luật Hình sự.
Để chuẩn bị cho phiên tòa, Hội đồng xét xử đã triệu tập ông Nguyễn Minh Quân (nguyên Giám đốc Bệnh viện thành phố Thủ Đức) đến phiên tòa với tư cách là người bị hại; triệu tập ông Nguyễn Văn Lợi (là bị can cùng với ông Nguyễn Minh Quân trong vụ vi phạm đấu thầu xảy ra ở Bệnh viện thành phố Thủ Đức) đến phiên tòa với tư cách là người liên quan. Ngoài ra, Tòa triệu tập thêm một nhân chứng và một số người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan khác.
Trong vụ án này, tổng số cs 12 luật sư đăng ký tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho các bị cáo. Trong đó, bị cáo Nguyễn Ngọc Triệu có tới 5 luật sư bào chữa.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, đầu năm 2021, khi C03 xác minh các hoạt động liên quan đấu thầu ở Bệnh viện thành phố Thủ Đức, ông Nguyễn Minh Quân (khi đó là Giám đốc Bệnh viện) lo sợ bị phát hiện ra các sai phạm nên đã liên hệ nhờ Bùi Trung Kiên “chạy án” giúp. Kiên đồng ý giúp đỡ ông Quân và Nguyễn Văn Lợi (đang bị xác minh cùng vụ án với ông Quân) để không bị truy cứu trách nhiệm hình sự với “giá” 2,2 triệu USD và Kiên đã nhận đủ số tiền này.
Tháng 5/2021, thấy C03 vẫn kiểm tra quyết liệt, Kiên bị ông Quân đòi lại tiền. Kiên đã trả 1,15 triệu USD, còn chiếm đoạt 1,05 triệu USD (tương đương 23,5 tỷ đồng).
Không nhờ được Kiên, ông Quân tiếp tục nhờ một người bạn kết nối đến gặp Trần Văn Long, sau đó lại được giới thiệu đến nhờ Bùi Thị Hồng Giang tư vấn pháp lý. Ông Quân và Giang ký hợp đồng "bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp" với chi phí 1,2 tỷ đồng. Ký xong hợp đồng, ông Quân lại nhờ Giang tìm cách “chạy án” giúp và được Giang nhận lời. Cuối tháng 5/2021, ông Quân hai lần đưa cho Giang 120.000 USD.
Sau đó, Giang nhờ Lê Thanh An tác động giúp ông Quân. Đầu tháng 7/2021, bị cáo An gọi thông báo đã tìm được người giúp ông Quân để thoát trách nhiệm hình sự nhưng không nói rõ chi phí. Vài ngày sau, theo đề nghị của An, Giang và Long nhận 1,5 triệu USD của ông Quân và chuyển hết cho An.
Nhận 1,5 triệu USD này, An nhờ Hà Duy Tuấn đi “lo lót” giúp. Sau đó, bị cáo Tuấn cầm 970.000 USD đến nhờ bị cáo Nguyễn Ngọc Triệu giúp đỡ. Bị cáo Triệu nhận lời và lại đi nhờ một người khác giúp đỡ ông Quân song không được.
Cáo trạng kết luận, từ tháng 3/2021 đến tháng 7/2021, ông Quân đã nhiều lần đưa cho Kiên, Giang và Long 2,67 triệu USD (tương đương gần 60 tỷ đồng) để chạy án, song không thành.